Voor een gesprekspartner is vaak een groot gedeelte van de spraakstoornis niet merkbaar: het verborgen stotteren. Dit omvat bijvoorbeeld angst voor bepaalde geluiden of woorden, angst voor bepaalde situaties, nervositeit, zelfmedelijden, stress, schaamte en het gevoel geen grip meer te hebben op de loop van het gesprek. Het verborgen stotteren kan net zozeer een verergering van het hoorbare stotteren tot gevolg hebben als een belemmering voor behandeling van de spraakstoornis zijn.
Daar waar er voor het 'open' stotteren wel degelijk fysieke oorzaken zijn gevonden, is het verborgen stotteren vaak enkel een gevolg van de (door de stotteraar ervaren als zijnde) negatieve reactie van de omgeving. Deze negatieve reactie kan variëren van het gepest worden door kinderen op school tot het door de ouders aangeleerde 'trucje' om stotteren af te leren ("knip even met de vingers, en probeer het dan eens opnieuw").
Deze voor de stotteraar negatieve associaties met zijn spraakstoornis kunnen leiden tot vermijdingsgedrag, vooral bij de jongere stotteraar. Dit vermijdingsgedrag bestaat uit: