De naam van het syndroom verwijst naar de Oostenrijkse psychiater en kinderarts Hans Asperger, die hier in 1944 een proefschrift over schreef. In dit proefschrift noemde hij zijn patiënten "kleine professors" vanwege hun intense belangstellingen en formele taalgebruik. Anders dan het artikel van Leo Kanner over autisme dat in dezelfde periode geschreven werd, kreeg de publicatie van Asperger lange tijd weinig aandacht. Zijn werk werd pas in bredere kring bekend door de aandacht die de Engelse Lorna Wing hier in 1981 aan gaf. In 1991 werd Aspergers proefschrift Die 'Autistischen Psychopathen' im Kindesalter door de Duitse ontwikkelingspsychologe Uta Frith in het Engels vertaald en in het boek Autism and Asperger Syndrome gepubliceerd. In 1994 werd het syndroom opgenomen in het Amerikaanse Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders (DSM).
Al sinds Lorna Wing de eerste criteria publiceerde, bestaan er controverses over de classificatie en de status van het syndroom. Een belangrijke vraag hierbij is of het aspergersyndroom hetzelfde is als hoogfunctionerend autisme, een autistische stoornis waarbij geen mentale retardatie optreedt. In dat geval is het niet nodig deze syndromen als afzonderlijke aandoeningen op te nemen in de verschillende classificatiesystemen. Zo leidde een studie uit 1997 tot de conclusie dat de kinderen die Hans Asperger beschreef, volgens de hedendaagse DSM-criteria niet het syndroom van Asperger hadden, maar een klassieke autistische stoornis.
Een toenemend aantal wetenschappers beschouwt het syndroom van Asperger als een vorm van hoogfunctionerend autisme. Zo schreef Lorna Wing in 1998: "Asperger syndrome and high-functioning autism are not distinct conditions" (Het syndroom van Asperger en hoog-functionerend autisme zijn geen verschillende aandoeningen). Neuropsychologisch onderzoek deed echter weer andere gezichtspunten ontstaan. Uit onderzoek naar Non-verbal Learning Disabilities (NLD) bleek namelijk dat mensen met NLD en het aspergersyndroom een sterk overeenkomend neurologisch profiel hebben. Dit profiel bleek veel verschillen te vertonen met dat van hoogfunctionerend autisme. Dit zou kunnen betekenen dat Asperger en autisme in neurologisch opzicht wel degelijk verschillende aandoeningen zijn.
In de DSM-V, de opvolger van de DSM-IV, zal het syndroom dan ook niet als aparte stoornis worden besproken en de naam zal er niet in worden opgenomen. De stoornis zal als een milde vorm van autisme worden opgenomen onder de brede noemer van het autismespectrum. Dit wil niet zeggen dat de term aspergersyndroom niet meer kan worden gebruikt, maar men vindt dat er onvoldoende aanwijzingen zijn om het nog langer als afzonderlijke entiteit binnen het autismespectrum te beschouwen.
Nog meer dan andere stoornissen uit het autismespectrum blijkt het syndroom van Asperger meer voor te komen bij mannen dan bij vrouwen.
In het boek The essential difference (2003), dat in 2004 in het Nederlands verscheen onder de titel M/V Het verschil, omschrijft Simon Baron-Cohen autisme en het syndroom van Asperger als extreme manifestaties van de werking van het mannelijk brein. Mensen met het aspergersyndroom zijn volgens hem meer gericht op technische details en resultaten (systematiseren) en minder op contact en samenwerking (empathiseren), iets wat in de hersenen aan te wijzen is (zie amygdala). Baron-Cohen beschouwt deze nadruk op systematiseren als een kenmerkend mannelijke eigenschap, en de nadruk op empathiseren als typisch vrouwelijk. Er zijn echter ook mensen met het aspergersyndroom die zich overmatig hebben gespecialiseerd in 'non-verbale communicatie' en het herkennen van menselijke emoties. Gedrag en houding kunnen dan met grote perfectie worden geïmiteerd zonder dat het bijbehorende affect aanwezig is. Zelfs de (micro-)oogexpressie kan worden geïmiteerd. Op deze manier worden, al dan niet bewust, verschillende tekortkomingen tot op zekere hoogte gecompenseerd.
Overigens spreekt Baron-Cohen niet van een stoornis, maar van een cognitieve stijl, met eigen kwaliteiten, waar niet noodzakelijk iets aan "verbeterd" hoeft te worden.