De DSM maakt een scherp onderscheid tussen ziekte en gezondheid. Uiteindelijk betreffen psychische ziektebeelden echter veel voorkomende gedragspatronen die zich (al of niet tijdelijk) in zulk een extreme mate manifesteren dat ze als afwijkend worden gelabeld. Veel begrippen uit de DSM zijn sterk gerelateerd aan sociaal-culturele waarden en hun veranderingen. Dit geeft nog wel eens een problemen op het gebied van de afgrenzing. Zo is homoseksualiteit lange tijd een DSM-diagnose geweest.
De DSM is bekritiseerd omdat deze een atheoretische indeling van psychische ziektebeelden geeft, wat wetenschappelijk onderzoek en betrouwbare conclusies over deze ziektebeelden bemoeilijkt. In het jaarverslag van 2001 van de Columbia-universiteit wordt hierover het volgende gezegd: "Dat de categorische benadering van de huidige classificatie van persoonlijkheidsstoornissen, DSM-IV, problemen geeft, is al lang onderkend door psychiaters en wetenschappers." Een van de problemen is "het willekeurig onderscheid tussen een normale persoonlijkheid, een persoonlijk karakter en persoonlijkheidsstoornissen". Verder is een interessant gegeven dat code 301.9 (persoonlijkheidsstoornis NAO: niet op een andere manier omschreven) het vaakst gediagnosticeerd wordt. De reden waarom de DSM-IV toch wereldwijd wordt gebruikt is dat de klinische praktijk en het meeste wetenschappelijk onderzoek tot nu toe op deze indeling is gebaseerd (wet van de remmende voorsprong). Er zijn inmiddels alternatieve (dimensionele) indelingen beschikbaar, maar deze hebben nog geen brede ingang gevonden, mogelijk omdat een dimensionele indeling een fundamenteel andere manier van denken meebrengt. Ook het tot op heden nog grotendeels onverwerkte verleden van de moderne psychiatrie zèlf zal daarbij ongetwijfeld een belangrijke rol spelen.
De DSM wordt gebruikt om in enkele woorden en op overzichtelijke wijze duidelijk te maken waar de problematiek van de patiënt over gaat, met als doel een passende behandeling te kunnen geven. Vooral in de huidige maatschappij met de vaak wisselende zorgverleners is het wenselijk om in één oogopslag de basisproblematiek te overzien. Het gebruik van DSM-categorieën (hokjes) kan echter leiden tot een beschrijving van het ziektebeeld die tekortdoet aan de complexiteit ervan. Dit heeft als risico dat de behandeling tevens tekortschiet, aangezien deze is gebaseerd op een te eenvoudig idee over de patiënt en zijn ziektebeeld. Desondanks is een behandeling van patiënten die slechts weinig criteria scoren voor een bepaalde DSM-ziektecategorie toch vaak effectief, wanneer deze behandeling specifiek is gericht op de gehele ziektecategorie. Behandeling volgens DSM-criteria is daarom zeker niet verkeerd (er is momenteel weinig ervaring met alternatieve indelingen), maar deze zou kunnen worden aangescherpt door gebruik te maken van een meer genuanceerde indeling van psychiatrische ziektebeelden. Inderdaad zal de DSM-5, die rond mei 2013 wordt verwacht, een dimensionele indeling van persoonlijkheidsstoornissen bevatten (As II, zie Big Five (persoonlijkheidsdimensies)). Voor de zogenaamde As I-stoornissen (zoals depressies en psychotische stoornissen) wordt nog steeds een categoriële indeling verwacht.
Een ander punt van kritiek op de DSM betreft belangenverstrengeling ("conflicts of interest") bij de commissie die verantwoordelijk is voor het maken van de (nieuwe) indelingen. Een recent onderzoek (2006) meldt dat zesenvijftig procent van de leden van de 170-koppige DSM-IV- en IV-R-commissie één of meer financiële verbindingen hadden met de farmaceutische industrie. Honderd procent van de leden van de subcommissies 'Stemmingsstoornissen' en 'Schizofrenie en overige psychotische stoornissen' hadden financiële banden met de farmaceutische industrie. De overige commissies die verbindingen hadden waren: financiering wetenschappelijk onderzoek (42%), consultancy (22%) en sprekersbureau (16%).